期刊论文查重软件的用户隐私保护措施包括但不限于：1.数据加密：确保用户上传的论文及个人信息在传输和存储过程中经过加密处理，防止被恶意获取。2.匿名处理：在查重过程中，用户的个人信息应当被匿名处理，不暴露用户真实身份。3.信息保密：查重软件提供商应当严格保护用户上传的论文信息，不得泄露给第三方。4.合规运营：遵守相关法律法规，确保用户隐私得到合法保护。

为了保护用户的隐私信息安全，期刊论文查重软件通常会采取一系列用户隐私保护措施。首先，数据加密是其中重要的一环，通过加密技术对用户上传的论文及个人信息进行保护，防止信息泄露。其次，匿名处理也是常见的做法，用户在使用查重服务时，个人信息应当被匿名化处理，保护用户身份隐私。此外，信息保密是保障用户隐私的关键，查重软件提供商需确保用户上传的论文信息不被泄露给任何第三方。最后，合规运营也是重要环节，遵守相关法规，保证用户隐私得到法律保护，是保障用户权益的重要举措。