一种应用是利用期刊论文查重软件检测论文中是否存在抄袭现象，确保学术论文的原创性。此外，查重软件还可以帮助作者及时发现并修改论文中的重复内容，提高论文质量。

另一种应用是通过期刊论文查重软件对论文进行排查，避免因为抄袭问题被学术期刊拒稿。同时，查重软件还可以帮助作者了解自己论文的原创度，及时调整论文内容，提高论文的学术影响力。