在使用期刊论文查重软件时，首先要注意软件的授权使用范围，避免超出授权范围使用。其次，要注意保护个人隐私信息，避免泄露。另外，使用时要遵守软件的使用规定，不得用于非法用途。同时，要注意及时更新软件版本，以确保查重结果的准确性。

除此之外，使用期刊论文查重软件时，应当保证网络连接稳定，避免数据丢失或查重失败。同时，要注意保存好查重记录，以备日后查证。另外，在使用过程中如遇到问题，应及时联系软件服务方进行咨询或解决。总之，正确使用期刊论文查重软件能够帮助提高学术水平，但需谨慎操作，遵守相关规定。